Złoty okres i schyłek świetności
Minęło zaledwie osiem spokojnych lat, a już w 1498 roku wojewoda mołdawski Stefan wspólnie z Turkami i Tatarami najechał ziemie polskie niszcząc Przemyśl, Radymno, Jarosław, Przeworsk i okolice. Tatarzy bez przeszkody uprowadzili branców i łupy na swe koczowiska. Jeszcze w latach 1500 i 1502 Jarosław i okolice były niszczone i grabione przez najeźdźców. W tej sytuacji mieszczanie przystąpili do silniejszego obwarowania grodu wznosząc strzelnice, ziemne wały i okopy, a Spytek kasztelan krakowski, nadając w 1513 roku Jarosławiowi przywileje, wzmocnił go obronnym zamkiem. Staraniem Jadwigi wdowy po Spytku i jej dwóch córek w 1523 roku, za czasów biskupa Rafała Wieniawy Leszczyńskiego, utworzono przy jarosławskim kościele parafialnym kolegiatę. Do rozwoju miasta bardzo przyczynił się Jan Tarnowski, kasztelan krakowski i wielki hetman koronny, który wyjednał u króla Zygmunta Starego w 1531 r. przywileje na wolne jarmarki, przez co zachęcił i zwabił przez korzyści i swobody kupców z zagranicy. On też podniósł i umocnił zamek, wystawił spichlerze i założył zwierzyniec, a popierając handel bydła unormował ceny i sposób sprzedaży mięsa. Syn Jana Tarnowskiego zmarłego w 1561 roku - Jan Krzysztof kasztelan wojnicki - poślubił Zofię, córkę z drugiego małżeństwa Stanisława ze Sprowy Odrowąża, która zatwierdziła przywileje nadane wcześniej miastu przez jej ojca, a po śmierci Jana Krzysztofa wyszła ponownie za mąż za Jana Kostkę wojewodę sandomierskiego. Będąc jego żoną wydała w 1571 roku nowe przywileje dla miasta. Staraniem Zofii Kostkowej powstał w Jarosławiu w 1571 r. jeden z pierwszych klasztorów O.O. Jezuitów. Ona wraz z mężem wzniosła wspaniały dom i kościół, oddając klasztorowi dobra Pawłowe Sioło (obecnie Pawłosiów) wraz z przyległościami. Wojewoda Kostka oddał Jezuitom swój księgozbiór, przebudował zamek w Jarosławiu, a w Pełkiniach i Gorliczynie wzniósł okazałe budowle. Niebawem zmarł, a w roku 1580 zmarła w Gorliczynie Zofia zaraziwszy się tyfusem od pasierbicy, którą pielęgnowała. Pamięć o tej niezwykłej kobiecie trwała wśród potomnych.
Król Władysław Warneńczyk w 1443 roku w Budzie wydał przywilej, w którym ustanawia Jarosław miastem składowym i główną komorą państwa, zakazując kupcom "pod utratą towaru" jechać innym traktem pomijając walny gościniec ruski wiodący przez Jarosław. Zygmunt I zatwierdził przywilej, a Zygmunt August wyznaczył na mocy uchwały sejmu lubelskiego komisję dla obejrzenia dróg i mostów.
Jak wynika z ówczesnych zapisów za czasów Jagiellonów dbano o utrzymanie gościńców i wykonywano wielkie i trudne prace, walcząc z przeszkodami jakie tworzyła okolica pełna jezior, bagien, błot i moczarów, po których obecnie ślad zaginął. W XV i XVI wieku Jarosław zaliczał się do najbogatszych miast nie tylko w Polsce, ale także w zachodnich stronach wschodniej Europy. Rozwijał się handel, słynne były jarmarki, na które przyjeżdżali kupcy z całego kraju i z zagranicy: z Niemiec, Włoch, Węgier, Armenii, Turcji i z innych krajów. W okresie targów Jarosław był zatłoczony wielojęzycznym tłumem kupców, mnóstwem zwierząt, ogromną ilością towarów z całej Europy i Azji. Całe miasto stanowiło jeden wielki obóz, gdzie alkohol lał się obficie, a często dochodziło do zwad i bójek. W podziemiach domów znajdowały się zaopatrzone w towary składy miejscowych lub przyjezdnych kupców.
Targowano skórami, pługami, nożami, kosami, sukniami i płótnami jedwabnymi, pieprzem, rybami, towarami południowymi, kobiercami, zbożem, żelazem, blachą, ołowiem, spiżem, solą, miodem, winem i szeregiem innych towarów. Ponadto na targ spędzano do 20 tysięcy koni i około 40 tysięcy wołów, nie licząc drobnej zwierzyny i nierogacizny. Corocznie szły z Jarosławia transporty wołów do Wrocławia, Saksonii i dalej ku Hamburgowi. Tak wspaniały rozwój handlu zawdzięczało miasto również położeniu nad spławną wówczas rzeką San, płynącą u podnóża wschodniej skarpy miasta. Dokumenty z lat 1570, 1625, 1650 i 1713 stwierdzają, że w Jarosławiu istniało specjalne Towarzystwo trudniące się handlem wodnym, budujące szkuty i galary. Sanem spławiano do Gdańska zboże, klepki, wina węgierskie itp. Handel wodny przynosił ogromne zyski dla miasta.
Po śmierci Zofii Kostkowej pozostawione dobra odziedziczyły dwie córki: Anna, poślubiona Aleksandrowi, księciu Ostrogskiemu i Katarzyna, żona Hieronima na Międzyborzu i Brzeżanach. Po spłaceniu Katarzyny, Anna złączyła obie połowy dóbr w swoim ręku. Oddana sprawom zarządzania majątkiem, pobożna i dobroczynna, doprowadziła do budowy kościoła i klasztoru P.P. Benedyktynek, sprowadziła zakonnice i sama często wśród nich przebywała. W dniu 8 maja 1600 roku pożar spowodował nieobliczalne szkody w mieniu mieszkańców Jarosławia, niszcząc większą cześć miasta wraz z kościołem. Spaliły się pozostałe jeszcze drewniane domy, w kolegiacie stopiły się dzwony, ozdoby i sprzęty kościelne. Natychmiast pospieszyli Ostrogscy i Sieniawscy z nowymi przywilejami dla miasta, a Zygmunt III Waza uwolnił miasto na cztery lata od wszelkich poborów i danin. Księżna Anna Ostrogska przyznała dalsze przywileje miastu. Mimo tylu starań mieszczan i panów Jarosławia miasto nadal nie mogło podnieść się z upadku. Zaraza morowa przywleczona przez kupców tureckich w 1622 dziesiątkowała miasto, następne trzy miesiące grasowała dżuma zabierając około 2 tysięcy ofiar. W następnym roku pod Jarosław podeszły zagony tatarskie, a w 1625 roku, w czasie jarmarku, zbrodnicza ręka podłożyła ogień i w jednej godzinie całe miasto z przedmieściami stanęło w ogniu. 300 osób i całe bogactwo wartości około 10 mln. złotych polskich padło ofiarą ognia. Jarosław pustoszony był również przez włóczęgów i rozbitków z oddziałami Stanisława Stadnickiego - pana na Łańcucie - zwanego powszechnie "Diabłem".
Pożary, choroby, rozboje włóczęgów nadwyrężyły zbytnio zasoby miasta. Trudno było powrócić do dawnej świetności mimo, że Anna Ostrogska nie szczędziła grosza ni starań. W roku 1635 Anna zmarła, została pochowana dopiero po wojnach ze Szwedami. Jej prochy uroczyście przeniesiono do grobowców przy kolegiacie, gdzie już spoczywały prochy Spytków, Odrowążów Kostków Lubomirskich i książąt Ostrogskich. Po śmierci Anny miasto i zamek podzielono na trzy części dla trzech córek księżnej, z których najstarsza była Zofia, żona księcia Lubomirskiego, druga Katarzyna, żona Tomasza Zamojskiego, a trzecia Anna, wydana za Karola Chodkiewicza.
Po zatwierdzeniu przez króla Władysława IV dawnych przywilejów Jarosławia, w 1637 r. nadszedł dla kraju, a tym samym i miasta szereg nowych klęsk i nieszczęść. Jarosław padł ofiarą najazdu kozackiego w 1648 roku. Po otrzymaniu okupu Kozacy odstąpili od spalenia miasta, ale je splądrowali. W pięć lat potem nawiedziły miasto epidemie zarazy, a za nimi nowe najazdy Kozaków i Szwedów. Rabowano świątynie, męczono i zabijano kapłanów, na mieszczan i szlachtę nakładano kontrybucje. W roku 1656 król szwedzki wyruszył przeciwko Janowi Kazimierzowi ku Lwowi, lecz zmienił kierunek wybierając lepszą drogę przez Narol, Cieszanów, Oleszyce do Jarosławia, mając zamiar dokonać tu przeprawy przez San. Stefan Czarniecki przeszkodził Karolowi Gustawowi w zajęciu Przemyśla, skąd niedobitki Szwedów wróciły do Jarosławia. Potem cofając się wzdłuż brzegów rzeki Szwedzi zatrzymali się u zbiegu Sanu i Wisły. W rok później, w styczniu 1657 r. wkroczył wojewoda Siedmiogrodu do Jarosławia niszcząc miasto, następnie pustoszyły całe Pogórze zastępy Węgrów, Wołochów i Mołdawian oraz Kozaków. Dotkliwe klęski dotknęły Jarosław w 1672 r. na skutek ataków hord tureckich i tatarskich, które uprowadziły znaczną ilość ludności w jasyr. Dopiero pod Niemirowem i Kałuszem hetman Sobieski zniósł powracające hordy doszczętnie i odbił kilka tysięcy niewolników.
Po bezpotomnej śmierci Anny z Ostrogskich Chodkiewiczowej w 1659 r. pozostały do rozdziału dobra zawierające 16 miast i 153 wsi, między Konstantego Lubomirskiego (fundatora klasztoru O.O. Franciszkanów) oraz Jana Zamojskiego, po którego śmierci cześć dóbr jarosławskich przeszła na wdowę Marię Kazimierę powtórnie zaślubioną z Janem Sobieskim. Do dóbr tych rościli sobie pretensje Koniecpolscy z mocy spadku po Janinie Barbarze, córce Jana Zamojskiego wydanej za Aleksandra Koniecpolskiego. Prowadzili oni długoletnie procesy z Marią Kazimierą. Dopiero w 1690 r. wyrok trybunału lubelskiego przysądził dobra jarosławskie Marii Kazimierze, a reszta pozostała przy domu Lubomirskich do początku XVIII wieku. Później Aleksander Lubomirski rozdzielił majątek między swe córki Elżbietę po mężu Sieniawską i Mariannę wydaną za Sanguszke.
Na czasy Sobieskiego przypada dokończenie ścisłego obwarowania Jarosławia i dokończenie budowy kurtyny murów z basztami, które zakończono w 1690 r. Wzniesiono również miejską zbrojownię oraz wydano przepisy dotyczące obrony grodu. Każdy mieszkaniec został zaopatrzony w rusznice i oszczep, i był obowiązany stawać na alarm do obrony miast pod rozkazami zwierzchnika.
Niedługo potem Jarosław stał się terenem pościgów wzajemnych między Szwedami i Sasami. Adam Sieniawski, wielki hetman koronny i pan na Jarosławiu, został po stronie Augusta II, stąd nienawiść Szwedów do niego i jego posiadłości. Stenbock, który niszczył Ruś kontrybucjami opuszczając Jarosław w 170ł r. złupił wszelkie włości i nabrał mienia za około 3 mln. złotych polskich. Na drugi rok Szwedzi uderzyli na miasto nakładając kontrybucje w kwocie 20 tys. tynfów. Po przybyciu Augusta najeźdźcy cofnęli się ku Sandomierzowi, lecz powrócili w liczbie około 600 tys. wojska z Karolem XII i zmusili Sasów ponownie do ucieczki. Szwedzi w liczbie 2 tys. stanęli kwaterą w Jarosławiu, a wychodząc pod Lwów, pozostawili zniszczenia, głód, nędzę i choroby, które do lutego 1706 r. wyniszczyły połowę mieszkańców miasta.
Rok 1711 zapisał się w dziejach Jarosławia bytnością cara Piotra Wielkiego, który gromadząc na Podolu armie przeciw Turkom usiłował skłonić Augusta II do ostatniej akcji przeciw sułtanowi.
Po okresie klęsk i burz wojennych nastał nareszcie pokój w całym kraju, lecz okres świetności miasta już nie powrócił. Jarmarki traciły na znaczeniu. Opuścili miasto obcokrajowcy zabierając swe mienie i pieniądze. Dążąc do podniesienia upadającego handlu Król August III przywilejem z 1746 r. zwiększył ilość jarmarków do siedmiu rocznie, lecz i to nie pomogło. Z biegiem czasu po tych jarmarkach nie pozostał nawet ślad.
Po śmierci Elżbiety Sieniawskiej i Marianny Sanguszkowej dziedzictwo Sieniawskich w drodze koligacji przeszło w dom książąt Czartoryskich. Staraniem Czartoryskiego Jarosław począł się odbudowywać, dźwigało się rolnictwo okolicy, podnosił się dobrobyt mieszkańców, lecz brak pomocy ze strony rządu utrudniał rozwój i postęp.
Wielkie zasługi dla rozwoju miasta położył ks. Wacław Sierakowski, przez 45 lat proboszcz jarosławskiej kolegiaty, później biskup przemyski i arcybiskup lwowski. On to odnowił uszkodzoną przez pożary świątynię, wzniósł budynki gospodarcze, odzyskał utracone fundusze i urządził na nowo parafię. Opróżniony przez Jezuitów Kościół Panny Marii oddano w 1777 r. Dominikanom.